Um das Jahr 900 wandern aus Nordosten die Mandingue nach Guinea ein. Der Stamm der Soussou ließ sich in Niederguinea nieder, die weniger zahlreichen Malinké siedelten in Oberguinea. Die aus Pygmäenvölkern bestehende Urbevölkerung wurde vertrieben.
1726 entstand im Fouta Djallon, im heutigen Mittelguinea, die Fulbe-Theokratie. Sie endete 1905 mit der Deportation des letzten Königs von Labé, Alpha Yaya, nach Dahomey.

Ab 1850 begannen systematische Kolonisierungsversuche durch Frankreich, die auf zum Teil heftigen Widerstand stießen, vor allem im heutigen Oberguinea unter der Führung von Samory Touré.
1892/1893 wurde das heutige Guinea als Teil Französisch-Westafrikas französische Kolonie.
Am 28. September 1958 entschied Guinea sich in einer Volksabstimmung als einzige französische Kolonie in Afrika für die vollständige Unabhängigkeit. Es folgte die Ausrufung am 2. Oktober 1958 der Ersten Republik mit Sékou Touré als Staatspräsidenten; es kam zum Bruch mit Frankreich.

Im November 1958 nahm Guinea diplomatische Beziehungen zur Bundesrepublik Deutschland auf.
Im November 1970 erfolgten die portugiesische Landung in Guinea und ein Umsturzversuch von Exilguineern, der jedoch scheiterte (so genannte Operação Mar Verde = Operation Grünes Meer).

Nach dem Tod Sekou Tourés am 26. März 1984 übernahm am 3. April 1984 der Oberst Lansana Conté die Macht, gestützt auf ein Militärkomitee. Es kam zur Proklamation der 2. Republik.

Nach Ausbruch des Bürgerkriegs 1990 in den Nachbarländern Liberia und Sierra Leone kamen Tausende von Flüchtlingen nach Guinea; zeitweise bis zu 700.000.

Am 19. Dezember 1993 wurde in der ersten demokratischen Präsidentschaftswahl General Lansana Conté als Präsident bestätigt. Es folgte die Ausrufung der 3. Republik im Januar 1994.


In den darauf folgenden Jahren kam es zu Aufständen, die im Februar 1996 mit der Niederschlagung einer Militärrevolte ihren Höhepunkt erreichten.

Am 18. Dezember 1998 wurde Präsident Lansana Conté mit 54 % der abgegebenen Stimmen für weitere fünf Jahre im Amt bestätigt, wobei die Oppositionsparteien allerdings von massivem Wahlbetrug sprechen. Schon tags darauf werden mehrere Oppositionspolitiker verhaftet. Conté ernennt am 8. März 1999 den Präsidenten des Obersten Gerichtshofes, Lamine Sidimé vom „Parti de l'Unité et du Progrès“ (PUP), zum neuen Regierungschef.

Von September 2000 bis März 2001 wehrte Guinea Angriffe sierraleonischer und liberianischer Rebellen auf das guineische Staatsgebiet ab. Infolge des Bürgerkriegs in Sierra Leone hielten sich zeitweise bis zu 500.000 Flüchtlinge aus Liberia und Sierra Leone in Guinea auf. Bei einem Gipfeltreffen der Staatspräsidenten von Guinea, Liberia und Sierra Leone in Rabat im Februar 2002, wurden Wege zur Beilegung des Regionalkonflikts erörtert.

Im November 2001 wurden durch ein umstrittenes Referendum zur Verfassungsänderung u. a. die rechtlichen Voraussetzungen für einen Verbleib von Staatspräsident Lansana Conté im Amt über 2003 hinaus geschaffen.

Im Juni 2002 endeten die von wichtigen Oppositionsparteien boykottierten, nicht demokratisch verlaufenen Parlamentswahlen mit einem klaren Sieg der Präsidentenpartei PUP.

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